Яндекс.Деньги стали первым оператором электронных денег, который позволяет оплачивать билеты «Аэрофлота» прямо на его сайте. С помощью электронных денег пользователи могут и приобрести билет, и оплатить бронирование. В обоих случаях комиссия за операцию не взимается, перечисление средств происходит мгновенно.

Работа с авиаперевозчиками — одно из приоритетных направлений для Яндекс.Денег. Среди партнеров электронной платежной системы — авиакомпании S7, «Россия», Уральские авиалинии, SkyExpress и другие. К системе подключены также сервисы онлайн-продажи билетов, в том числе Агент.ру, Ozon.travel, Pososhok.ru, агентство «ДАВС».